考古发掘是一项非常严肃的科学研究工作，需要考古工作者进行大量的艰苦细致的努力，通过科学发掘和对地层学、类型学等进行研究，揭示发掘对象所包含的文化面貌、特征、性质及其经济、文化特点，以及当时社会发展阶段和文明发展历程。在沦陷区，一些日本考古学者无视中国主权，对中国各地墓葬、遗址进行劫掠式考古调查和发掘。
早在日本占领大连时，东亚考古学会、满铁会社、满蒙文化协会等对大连地区的主要历史遗址，进行发掘与掠夺。1927年他们发掘了貔子窝先史遗址。1928年“调查”了汉代牧羊城址。1931年发掘了营城子汉墓，临摹了古坟壁画，收罗了许多文物。［日］春山秀夫：《满洲之文化》，1943年版，第196页。
1933年6月8日，以原田淑人、池内宏为首的日本东亚考古学会发掘队，发掘渤海上京龙泉府的宫殿遗址。此次共发掘宫殿址6处、寺庙殿堂址1处、门址2处、陵墓1座，清理了禁苑的两处亭榭址、1处殿址及外城墙垣，获得了大批珍贵的渤海遗物。
1935年和1939年，日本考古队还对我国辽代遗址进行发掘，在辽祖阿保机寝陵等地发掘的珍贵文物，如阿保机夫妇的玉册残简，也被盗运东京。
1937年，鸟山喜一调查了吉林延吉地区的渤海时期城址和其他遗迹，包括北大古城址。同年，日本人发掘吉林珲春的八连城的3处宫殿址。1942年春、1942年7月，鸟山喜一、驹井和爱等又对八连城进行盗掘，这使保存状况不佳的八连城址遭到很大破坏。1943年，又发掘了吉林和龙的西古城。渤海国遗迹，特别是都城址，如东京城（上京）、八连城（东京）、西古城（中京）的宫殿址都被发掘了。朱国忱、朱威：《渤海遗迹》，文物出版社2002年版，第26页。
1936年起，原京都大学东方文化研究所水野清一、长广敏雄等，开始对中国南北响堂山、龙门石窟进行调查。结果，他们从中国陆续取回了有关龙门、云冈的石窟资料5600件，石刻资料8000件，数量之巨，实属惊人。这些文物，现在仍保存在该所东洋文献中心。他们曾因此获得1952年日本学士院“恩赐赏”。此外，京都大学人文科学研究所收藏中国甲骨文片3609片，大部分是从罗振玉处购买的。其中一部分是原刘铁云所藏的初期出土品，大部分是1925年与1926年的小屯出土品。《汉籍在日本的流布研究》，江苏古籍出版社1992年版，第308页。
1938年，原田淑人等调查了北魏平城遗址。1940年，日本东亚考古学会和日本东亚文化协会在华北活动，由原田淑人主持发掘了邯郸赵王城遗址。1940至1941年，关野雄调查了齐国故城遗址及滕、薛二国故城遗址。1942年到1943年，原田淑人又发掘了曲阜汉鲁灵光遗址、商都殷墟遗址等。日本东京帝国大学的高井冬二等人则在北平周口店遗址发掘。一些日本人还在大同等地对古遗址进行考古发掘。
关于山东曲阜县汉灵光殿遗址被盗掘，1949年6月23日，行政院赔偿委员会电告，“关于山东曲阜县附近汉灵光殿遗址被发掘古物案，兹据驻日代表团电陈交涉归还经过情形略以准照盟总复函开，该项古物现存东京大学（即东京帝大）正研拟报告已成百分之八十，得明年12月可成。为文化事业计，拟请暂由东京帝大学保管，待报告完毕即应归还等语，查该项古物原系攫得资料理应令日方立即归还，惟鉴于各方面现实情形拟准许日方展现至明年一月归还，届时并缴纳报告50份，以备我学术界参考等情相应电请查照核复等由。”《关于日人在山东曲阜县汉灵光殿遗址盗掘之古物即应归还之文电》，中国第二历史档案馆档案，全5（2），卷911。
这些考古发掘，是在别国土地上掠夺历史文化财富，他们只注重搜寻文物精品，对发掘工作的严肃性与科学性、文物的安全性及发掘对象（遗址）的完整性等完全不予重视，也不会严格采用国际考古发掘惯用的探方或探沟法。这些盗掘考古，不仅掠夺了中国的文物，而且也严重地破坏了遗迹。
从战后教育部清理战时文物损失委员会调查所作的《战时文物损失登记分类目录（古物类）》（副本一）的部分统计，便可窥日本劫掠式考古所致损失之一斑。《战时文物损失登记分类目录（古物类）》，1939年3月13日制表。中国第二历史档案馆档案：全5，卷910。
物主名称著者及其年代（版本）件数被掠经过、备考国有徐宁周妻张氏墓表延昌4年郭恩子妻解氏墓表延昌20年贾买苟妻索氏墓表延昌22年贾买苟墓表延昌26年4月郭恩子墓表延昌29年11月记崇庆墓表延昌32年闰正月残墓表延昌32年2月鞠孝嵩妻张氏墓表延昌40年闰3月续表物主名称著者及其年代（版本）件数被掠经过、备考侯庆伯墓表延寿11年5月侯君夫人张氏墓志仪凤□年12月17日张君夫人毛氏墓志龙翔2年11月鞠孝嵩墓表延和9年正月孙仁德等残造像年月缺康居士缮经记残石中有武后制字上14种皆太谷光瑞在高昌故址盗掘之品白鹤观残碑（行书）成残石六太谷氏在济木萨北四十里盗掘所得房山刻经残石贞观8年□月乙卯朔15日巳□太谷氏自河北省盗走居雍关刻经残字4行，存全字8，半字3太谷氏自河北省盗走司马温公告身1件民18年日本古物商人江藤涛雄盗买，现存日本侯爵细川立友汉熹平石经残石1件（400余字）由某氏盗买，现存日本国有铜盉壶商代3件，2件兽把参考日本商会中国历代太医院物铜人俞穴像宋代额题“天圣5年10月制”庚子之役被掠去，现藏日本帝室博物馆辽宁海城县三觉寺石狮1对，高丈数尺甲午之役被掠去，现立于东京博物馆前热和省文庙周铜彝器10件民24年被驻热和行宫日本司令官盗运日本清雍和宫人面蟠龙雷纹鼓（铜器）1件庚子之役后被掠去，现藏京都佳友二成氏家屋续表物主名称著者及其年代（版本）件数被掠经过、备考国有羊头洼先史居住址调查（民22年5月）资料现存日本京都帝大文学部考古学教室顾乡屯旧石文化遗址调查（民22年6月）资料现存日本，岩波书店出有“满蒙学术调查团报告书”6册热河省新石器文化调查（民26年8月）同上红山后石铜过渡期古墓住址调查（民23年6月）部分资料在日本京都帝大考古学教室，东考古学会曾刊“红山后”一书间岛古迹调查（民26年）石器时代资料在京都帝大文学部，伪文教部古迹“间岛省古迹调查报告书”一册热河省滦平附近古迹调查（民26年6月）主要新石器时代同上，刊“热河滦平县附近遗迹”一书延吉小营子新石古墓调查（民27年）部分资料存朝鲜京城帝大法文学部，伪满文教部古迹保存协会曾刊“延吉小营子遗迹调查报告书”一册辽永庆陵调查（民27年7月）资料在京都帝大文学部考古学教室，请与四村实造接洽收回吉林市附近古迹调查（民29年）主要渤海国物资料存京城帝大法文学部抚顺县高句丽新城调查（民29年9月）资料存京城帝大法文学部考古学教室辽阳市汉墓调查（民32年9月）资料存京城帝大法文学部考古学教室，请与负责人驹井和爱收回旅顺营城子积石古
墓调查（民33年8月）黑陶时代部分资料存京城帝大藤田亮策处续表物主名称著者及其年代（版本）件数被掠经过、备考辽阳市壁画古墓调查（民31年）资料存东京帝大法文学部考古学教室，报告书原稿请驹井和爱交还珲春半拉城（渤海东京龙泉府址）调查（民31年3月）辽阳市林产化学会社附近壁画汉墓调查（民32年3月）资料明器部分存东京帝大文学部考古学教室，请与驹井和爱交涉辽阳州城址调查（民32年5月）资料存东方文化学院岛田正郎所，又报告书原稿一并收回和龙县西古城子（渤海中京显德府址）（民34年4月）资料存京城帝大，请与岛山熹一交涉追回
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